1. Аппарат управления
      Дирекция
      Бухгалтерия
      Планово-экономический отдел
      Отдел кадров и аспирантуры
      Служба охраны труда и ТБ
      Канцелярия

2. Научно-исследовательские подразделения:
    Лаборатория № 19 «Проблем освоения и рационального использования подземного
                                     пространства»
                                      Зав. лабораторией к.т.н. С.А.Гусак
    Лаборатория № 20 «Геоэкотехнологий»
                                    Зав. лаб. С.П.Месяц
    Лаборатория № 22 «Теории комплексного освоения и сохранения недр»
                                      Зав. лаб. к.т.н. О.В.Наговицын
    Лаборатория № 24 «Технологических процессов при добыче полезных ископаемых»
                                    Зав. лаб. д.т.н. С.А.Козырев    
    Лаборатория № 26 «Геомеханики»
                                    Зав. лаб. д.т.н. А.А.Козырев
    Лаборатория № 27 «Геофлюидомеханики»
                                    Зав. лаб. к.т.н. А.И.Калашник
    Лаборатория № 28 «Теории и технологии подземного строительства»
                                      Зав. лаб. к.т.н. Н.Н.Абрамов   
    Лаборатория № 29 «Флотационных реагентов и обогащения комплексных руд»
                                      Зав. лаб. к.т.н. Г.В.Митрофанова
    Лаборатория № 31 «Предконцентрации и рудоподготовки минерального сырья»
                                     Зав. лаб. д.т.н. С.В.Терещенко
    Лаборатория № 32 «Новых технологических процессов и аппаратов»
                                      Зав. лаб. к.т.н. М.С.Хохуля

3. Научно-производственные подразделения:
    Инженерный центр (№ 36)
    Начальник инженерного центра М.В.Шкрибеев
    3.1. Конструкторский сектор (36.1)
    3.2. Минералогический сектор (36.2)
    3.3. Химико-аналитический сектор (36.3)
    3.4. Технологический сектор (опытно-промышленная технологическая установка) (36.4)

4. Научно-вспомогательные подразделения:
    Отдел информации
    Международный отдел

5. Обслуживающие подразделения